La villa fu fatta costruire nella seconda metà del XVI secolo da Giovanni Battista Lercari, doge della Repubblica di Genova nel biennio 1563-1565, proprietario del Palazzo Lercari-Spinola di via degli Orefici. Lo stesso doge ne finanziò la decorazione interna delle sale, che fu iniziata al piano terreno con l'affresco della vasta volta dell'atrio, con grottesche e paesaggi realizzati da un autore non identificato. Sempre al piano terreno, l'ambiente che presenta le decorazioni di maggior pregio, giunte fino a noi in ottimo stato di conservazione, è la sala con le Storie di Paride raffigurate sulla volta, attribuite a Bernardo Castello, che raffigura al centro il Ratto di Elena, affiancato da Paride fanciullo consegnato ai pastori, il Convito degli dei e Il giudizio di Paride, entro cornici bianche a stucco. A seguito della tragica scomparsa del figlio maggiore del doge, la campagna decorativa cinquecentesca venne interrotta.
La villa è costruita secondo il classico modello alessiano, simile nella struttura alla villa Giustiniani Cambiaso di Albaro, ma non si conosce il nome del progettista. È uno dei due palazzi sampierdarenesi descritti da Rubens nel volume Palazzi di Genova (l'altro è "La Fortezza"), dove è identificato come il palazzo "C". Come molte ville del Cinquecento, fu dotata di una torretta di protezione.
All'interno è presente un importante ciclo di affreschi dei secoli XVI e XVII secolo riferibili a Bernardo Castello (Ratto di Elena e Storie di Paride) nell'atrio, Giovanni Carlone (Imprese di Megollo Lercari e Nozze di Pellina e Luca Spinola) nel salone del piano nobile e Giovanni Andrea Ansaldo (Imprese di Ambrogio Spinola e Gesta di Perseo) nelle stanze laterali, tutti di grande pregio.
Gli studenti del Liceo Statale Piero Gobetti organizzano in loco visite guidate in occasione di diverse manifestazioni cittadine.
