L'opera fu progettata dall'architetto veronese Michele Sanmicheli (1484-1559), incaricato dal governo veneziano di salvaguardare l'accesso dal mare ritenuto più pericoloso, sbarrando il passo, con le artiglierie, a un eventuale flotta nemica.
Un'interessante descrizione del complesso e della vita che vi si svolgeva ci è stata lasciata, nelle sue memorie, dall'avventuriero e scrittore veneziano Giacomo Casanova che vi fu rinchiuso dal marzo al luglio 1743. Il luogo non aveva funzione di prigione ma poteva essere un utile destinazione per personaggi scomodi che si intendeva sottoporre più a misure di sicurezza che a pene detentive vere e proprie.
Il forte costituì, più che un'opera difensiva vera e propria, una forma di dissuasione da mostrare a visitatori e ambasciatori, soprattutto ottomani. Di fatto, superato il periodo in cui si temeva un attacco dal mare, la fortezza ospitò guarnigioni del tutto rappresentative.
Il forte aprì il fuoco una sola volta contro una nave nemica, il 20 aprile 1797, alla vigilia della caduta della Repubblica, quando una potente salva falciò il bastimento francese Le Libérateur d'Italie che tentava di forzare il porto del Lido, provocando la morte del comandante e la resa della nave.
