In questo luogo, già a partire dal XIII secolo, si insediarono i frati francescani; dal XV secolo il Complesso diventò un importante punto di riferimento per tutta la cittadinanza cuneese e le famiglie nobili parteciparono con ingenti donazioni all'abbellimento e all'ampliamento della struttura. Più tardi, l'esercito di Napoleone si impossessò dell'edificio, cacciò i frati ed utilizzò chiesa e convento come caserma e guarnigione militare; gli arredi sono dispersi in altri edifici religiosi o venduti. Dopo alterne vicende e diversi cambiamenti d'uso, dal 1980 l'intero complesso è utilizzato come luogo di attività culturali ed ospita la sede del Museo Civico.
L'interno della chiesa è diviso in tre navate: la sezione laterale sinistra lascia a vista una parte degli scavi archeologici, fruibile mediante un percorso a passerella in vetro. Un approccio attivo e coinvolgente rende visibili i resti della Chiesa più antica, evidenziando il punto di giunzione fra le due costruzioni lungo l'attuale muro perimetrale. Il recente scavo in estensione dell'edificio ha rilevato la presenza di due pavimentazioni in cocciopesto e malta, riferibili a due diverse fasi di vita dell'impianto trecentesco, e di numerose tombe a cassa, esternamente alla muratura a sud della Chiesa, alcune con arredi e cappelle fuori terra e riparate da un porticato.
I recenti restauri dell'apparato decorativo hanno permesso di completare il discorso figurativo, condotto in precedenza da Pietro da Saluzzo con le sue Storie della Passione, raffigurate nel 1472 sul soffitto della “Cruciata”, dedicata alla Confraternita di Santa Croce. A queste si aggiungono il San Francesco e il San Bartolomeo, recuperati nel sottarco della seconda cappella a sinistra, dedicata ai Santi Innocenti, da ricondurre alla prima maniera di Pietro da Saluzzo, come per i lacerti raffiguranti un San Michele e un santo vescovo, sul secondo pilastro della navata sinistra.La quinta cappella della navata destra, dedicata a San Bonaventura, è affrescata con i Dottori della Chiesa, ritratti in studioli arredati con seggi, mobili e accessori. Lo stile è quello di un Pietro da Saluzzo più tardo, al quale si affianca la personalità di un altro pittore, cui sono riferibili particolari precedentemente non riscontrati nella bottega dei Pocapaglia. A quest'ultima sono attribuibili le decorazioni a motivi geometrici policromi, riemerse dalle volte della navata maggiore e della cappella del nome di Gesù, la quarta della navata destra.
Infine, sulla parete sinistra della cappella sotto al campanile è stato recuperato un riquadro affrescato, sormontato da un angelo accanto a una torre. All'interno vi è una serie di quadrilobi disposti a semicerchio con al centro Cristo Benedicente ed ai lati alcuni santi con filatteria, mentre, in basso, vi è un santo vescovo in una nicchia quadrilobata affiancata da un'altra figura. Lo stile dell'opera rimanda al gotico lineare dei primi anni del XV secolo.
