La tradizione vuole la chiesa di San Pietro, originariamente dedicata alla Vergine Madre di Dio, fondata su un tempio di Giove da fedeli convertiti dal paganesimo dall'evangelizzazione nei dintorni dei Santi Pietro e Paolo. In epoca imprecisata fu distrutta, ma riedificata in seguito col nome odierno su commissione da Leone Caetani, conte di Fondi, il 12 dicembre 1138.
L'interno è a tre navate inizialmente in stile gotico, in seguito rinascimentale. In quella maggiore, incorporato al terzo pilastro di sinistra si ammira un bassorilievo di accurata e morbida fattura, raffigurante San Pietro benedicente, assiso su due leoni. Alla destra della controfacciata si trova la cappella della Madonna di Loreto, antico sepolcro dei conti di Fondi (tra i quali Marcantonio Prospero Colonna), caratterizzata da affreschi del XV secolo. Sul lato opposto, invece, il battistero, con lacerti di pavimentazione cosmatesca e fonte battesimale del XIII secolo.
Il pulpito, o ambone, è in stile cosmatesco con decorazioni a mosaici e figure geometriche in smalti chiari. Esso poggia su quattro colonne poste su due leoni e due arieti stilofori. Al centro del parapetto vi è l'immagine di San Girolamo, mentre ai suoi angoli vi sono i simboli degli evangelisti (un bue, un'aquila, un leone e un angelo). Sopra gli archivolti vi sono 3 versi recanti la firma del maestro Giovanni di Nicola (XII-XIII secolo).
Lungo la navata destra si apre la cappella della Croce che ospita il monumento funebre del conte Cristoforo Caetani (XV secolo), eretto dal figlio Onorato II. La sua base è sorretta da 3 leoni su cui poggiano altrettante figure di donne che rappresentano rispettivamente la Fortezza, la Carità e la Prudenza. Nella parete anteriore il sarcofago presenta un bassorilievo raffigurante la Madonna tra i santi Giovanni Battista, Giovanni Evangelista, Caterina d'Alessandria e Lucia. Il conte è raffigurato in abiti militari ed una corona, tra due angeli. In alto, Gesù crocifisso tra la Madonna e san Giovanni Evangelista. Nella medesima cappella vi sono due trittici a fondo oro della fine del XV secolo: quello di destra è di Antoniazzo Romano e raffigura la Madonna con Bambino ed il conte Onorato Caetani tra i santi Pietro e Paolo (1425), quello di sinistra è invece di Cristoforo Scacco e rappresenta l'Annunciazione tra i santi Onorato e Benedetto (1499). Vi è inoltre la cattedra dell'antipapa Clemente VII, in marmo con inserti cosmateschi.
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