La costruzione della prima parrocchiale avvenne sul finire del XIII secolo, nel medesimo spazio occupato dall'attuale impianto, contemporaneamente alla fondazione del nuovo borgo (il Burgus Sancti Spiritus) voluto dal Comune di Albenga nella piana del torrente Varatella. Secondo una ricostruzione architettonica del tempo, la chiesa aveva l'orientamento della zona absidale verso levante e, conseguentemente, con la facciata rivolta a ponente.
Quattro le opere pittoriche del pittore genovese Giuseppe Badaracco, datate tra il 1644 e il 1655: il Martirio di san Matteo nella zona absidale; il Martirio di sant'Agata nella cappella posta a capo della navata destra; la Madonna con Bambino e i santi Pietro, Erasmo ed Antonio abate, lungo la navata sinistra (pala d'altare), dove si può distinguere la rappresentazione di una Borghetto Santo Spirito nel Seicento; il Miracolo della mula, un episodio della vita dell'abate di Padova.
Tra le sculture collocate all'interno della parrocchiale una statua raffigurante San Matteo, opera della bottega di Anton Maria Maragliano, nella nicchia laterale a destra dell'altare maggiore, e Santa Maria Maddalena, effigie di Paolo Olivari e collocata nella nicchia a sinistra del medesimo altare. All'inizio dell'Ottocento è datato il ligneo coro realizzato dall'artigiano loanese Perasso.
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