Il percorso espositivo del Museo si articola in quattro sale in cui è possibile visionare antichi manufatti relativi alle pratiche agricole nel territorio di Massafra. Nella prima sala sono esposti gli attrezzi utilizzati per la pesare l’olio e il vino. Segue la seconda sala in cui sono ubicati gli antichi strumenti per la produzione olearia e vinicola. Una terza sala ospita la strumentazione dell’ultimo “carradore” (costruttore di carretti da trasporto) di Massafra. Nell’ultima sala, che utilizza la torre circolare sud-occidentale, è possibile osservare le corredi femminili della fine del XIX secolo, attrezzi lignei per la realizzazione dei tessuti, ed una collezione di ceramiche grottagliesi e laertine da mensa e da fuoco.

Il Museo gestisce inoltre un Laboratorio Didattico Archeologico ubicato nella torre sud-orientale del castello. Le attività del Laboratorio sono costituite dallo studio della documentazione di scavo dell’insediamento magnogreco di San Sergio, ad un’analisi dei reperti archeologici con catalogazione e musealizzazione.