Il Museo è stato fondato grazie ad un accordo tra il Ministero della Pubblica Istruzione e l'Istituto Italiano per il Medio ed Estremo Oriente, che vi ha depositato le proprie raccolte artistiche e archeologiche, provenienti principalmente dalle esplorazioni di Giuseppe Tucci in Tibet, nonché dagli scavi condotti dall'Istituto a Shahr-i Sokhteh in Iran, a Ghazni in Afghanistan e nella valle dello Swat, in Pakistan.

Le collezioni sono state successivamente allargate grazie a donazioni ed acquisti. Presso il Museo sono in funzione una biblioteca specializzata, un archivio fotografico ed un Servizio di bioarcheologia.

Nel percorso geografico vengono presentate le collezioni che, dal nucleo originale e dalle acquisizioni successive, sono rappresentative del: Vicino e Medio Oriente Antico, dalla protostoria, al periodo del ferro, agli Imperi (Achemenidi, Parti, Sasanidi). Archeologia e arte del mondo islamico. Gandhara, le aree dell’antico Nord-Ovest indiano. Tibet e Nepal. India. Cina. Giappone. Corea e Vietnam.