Il Museo diocesano è sorto come strumento per contrastare, da un lato, lo stravolgimento e la quasi totale cancellazione della bimillenaria storia di Pozzuoli, a causa della trasformzione così profonda e repentina della diocesi di Pozzuoli durante il XX sec. e, dall’altro, consentire uno studio più approfondito delle tradizioni cristiane dei Campi Flegrei. L'itinerario museale racconta la storia del territorio diocesano a partire dalla sua prima evangelizzazione, attraverso le opere d'arte e la suppellettile liturgica.