Il complesso museale è composto da due edifici attigui: Palazzo Bonet e l’ex Convento francescano della Chiesa di Sant’Anna. La Galleria ha una terza estensione a Palazzo Ziino: il primo piano accoglie la gipsoteca, prima custodita insieme al resto delle collezioni nella vecchia sede al Teatro Politeama, il secondo piano è adibito a spazio per mostre temporanee.