Il museo, situato al piano terreno di Palazzo Massari, conserva la più ampia collezione di opere di Filippo de Pisis, una cospicua raccolta di dipinti e sculture dei maggiori artisti nati o vissuti a Ferrara nel corso del Novecento ed una piccola sezione di opere di artisti non originari della città.

Dal 2012 il museo è chiuso per lavori di restauro ma una selezione delle opere è esposta al Castello Estense.