Già nel 1221 si ha notizia di una piccola chiesa e convento di frati minori realizzati fuori dalle mura, in direzione di Baggiovara, in una zona malsana e paludosa chiamata Lentesone. Per motivi di salubrità, il complesso venne spostato nel 1244 nel "campo dell'erba" all'interno delle mura cittadine, situato dove si trova oggi la chiesa, che venne intitolata a San Francesco d'Assisi poco dopo la sua morte.
L'edificazione della chiesa e del convento durò parecchi decenni, come testimoniato in un documento del 1296 in cui si attesta che la chiesa non era ancora completata, mentre ancora nel 1318 il dormitorio dei frati era ancora in costruzione; successivamente l'edificio venne modificato e nel 1445 venne parzialmente ricostruita.
La facciata esterna è sobria e in stile gotico, così come il fianco settentrionale. L'interno, piuttosto rimaneggiato, è a tre navate e in quella di sinistra è ospitato uno dei capolavori di Antonio Begarelli, la Deposizione del Cristo dalla Croce: un gruppo di tredici statue con figure ritratte in un momento intensamente drammatico.
Si consiglia di verificare la corrispondenza degli orari di apertura contattando direttamente la struttura.