L'archivio conserva due grandi gruppi di fondi, quelli di proprietà del Comune di Verona, trasferiti a titolo di deposito, e quelli di proprietà dello Stato. Nel primo gruppo un fondo di particolare importanza è quello dell'antico archivio del Comune con documenti a partire dal 1405 e fino al 1900. Del periodo della dominazione veneta importanti sono gli atti dei Consigli cittadini dal 1405 al 1797; fondamentali sono i Campioni d'estimo, le Anagrafi cittadine e la serie relativa all'Amministrazione contabile Comunale dal 1630 al 1805 ed altre serie relative a Comuni limitrofi.
Al secondo gruppo, appartengono la serie degli atti dei Rettori Veneti e la Camera Fiscale (1405-1797). Al periodo della denominazione napoleonica appartengono gli atti del Governo Centrale veronese (1797), la Vice Prefettura del Circondario di Verona (1803-1805), Prefettura del dipartimento dell'Adige (1805-1814). Accanto agli archivi degli Organi di Governo, si conserva l'Archivio della Corte di giustizia civile e criminale e della Corte Speciale (1789-1812). Per lo studio del medioevo sono di grandissima importanza tutti gli archivi monastici confluiti dopo le soppressioni operate dal Governo napoleonico, che contano di solo materiale pergamenaceo circa 85.000 rotoli e migliaia di fascicoli, registri, mappe.
Si segnala la presenza di circa 50 archivi di famiglie donati o depositati in cui si conservano non soltanto registri, fascicoli, pergamene ma vari disegni, importantissimi per lo studio della idrografia e regolamentazione dei corsi d'acqua, indispensabili allo sviluppo dell'agricoltura. Infine, oltre agli atti dei Notai defunti (1409-1885), sono conservati i fondi catastali di epoca austriaca e gli atti di tutti gli Uffici Periferici dell'Amministrazione della Giustizia. La documentazione conservata copre un arco temporale che si sviluppa dal 762 al 1965.
