Prime tracce della congregazione religiosa dei Filippini si hanno dal 1746, per volere dell'arciprete della cattedrale Giulio Grassi, che inizialmente li ospitò presso il Tempio di San Martino. Ma già nel 1749 lo spazio di San Martino venne ceduto temporaneamente alla comunità della Chiesa di San Giacomo trasferitasi qui per rendere possibili i lavori di ricostruzione della propria chiesa. Gli oratoriani si spostarono quindi nella vicina Cappella dei santi Pietro e Paolo. Le cose cambiarono radicalmente con l'intervento di Ludovico Alvise Manin (padre di Ludovico Giovanni Manin ultimo doge della repubblica di Venezia) che rese possibile l'edificazione sia della chiesa che dell'oratorio, progettati da Giuseppe Canner e Giacomo Tancredi e ultimati nel 1772. Nell'arco dell'Ottocento, con le dominazioni francese e austriaca, l'ordine religioso venne soppresso, il convento e la chiesa vennero requisiti e volti a uso militare, e nel 1868 la Direzione Demaniale di Venezia cedette questi ambienti al municipio di Chioggia . Successivamente il comune usò il convento come sede scolastica. Nella chiesa, che poco più tardi venne ceduta nuovamente al vescovo in comodato d'uso, continua a figurare la presenza dei Padri Oratoriani.
La facciata, sormontata da un grande timpano in pieno stile neoclassico, si affaccia sul canale principale della città: il Canal Vena. L'interno della chiesa, a pianta rettangolare, misura 21 metri di larghezza, 31 di lunghezza e 21 di altezza. È dotata di diverse cappelle laterali, con opere di: Antonio Vianelli, Francesco Fontebasso, Giovanni Carlo Bevilacqua e Paolo Pellesina.
Sul soffitto è presente un affresco di 32 metri quadrati realizzato da Giacomo Casa nel 1865. Sono raffigurati in basso i padri Modenese e Gastaldelli nell'atto di presentare il progetto della chiesa al conte Manin. In alto San Filippo che venera la Vergine.
Si consiglia di verificare la corrispondenza degli orari di apertura contattando direttamente la struttura.