Venne costruita nel VII secolo, nel territorio che ora è il centro urbano di San Bonifacio ai confini con la frazione di Villanova. È una chiesa in stile romanico a tre navate con tre absidi rivolte verso est. La facciata è divisa in tre parti; il rosone centrale (che, probabilmente, sostituisce un'originaria bifora romanica) venne chiuso a causa dell'abbassamento del soffitto della chiesa e, per dar luce all'interno, vennero aperti tre finestroni. Aggiunte barocche sono invece le statue e gli stemmi dell'ordine benedettino olivetano. Sulla sinistra, attaccato alla chiesa, si eleva l'imponente campanile avente base romanica risalente al 1131 (probabilmente, in origine, appartenente ad una torre di difesa), trifore gotiche e cuspide quattrocentesca.

L'interno della chiesa, a tre navate, aveva in origine una copertura a capriate che venne coperta, in età barocca, dalle volte ancora esistenti. Interessanti, a destra, sono degli affreschi di scuola tardogiottesca (secolo XV) con scene della vita di San Benedetto mentre, sulla parete sinistra, è visibile un affresco rettangolare con sei figure di santi, fra i quali San Zeno e San Michele Arcangelo. Il presbiterio, a causa della sottostante cripta, è molto sopraelevato rispetto al piano della chiesa e presenta affreschi di scuola tedesca dei secoli XV-XVI.

La cripta è una delle più belle fra quelle romaniche della provincia veronese. Vi si accede mediante due scalinate laterali aperte nel 1925 sulle tracce delle scale originarie romaniche. Larga quanto la chiesa, è costituita da cinque piccole navate; da notare che la navata destra è parte dell'antica chiesetta, anch'essa dedicata a San Pietro, poi incorporata nella costruzione della nuova chiesa. Nel pavimento vi sono reperti della prima epoca romana come una lapide funeraria (usata come base di una colonna) e un vaso cinerario. Anche nella cripta si trovano affreschi.