Il museo accoglie, oltre agli oggetti delle culture extraeuropee provenienti dall’Esposizione Universale Missionaria, anche i doni fatti dalle congregazioni religiose missionarie o da privati ai diversi pontefici. Il museo custodisce, tra le altre opere, anche il museo borgiano, ossia il museo che ospitava gli oggetti raccolti dal Cardinale Stefano Borgia o donati dai missionari a Propaganda Fide, fin dalla sua fondazione nel 1622.

Il museo è organizzato in due percorsi: il percorso aperto al pubblico, ove gli oggetti esposti sono suddivisi per aree geografiche; un secondo percorso, aperto solo su richiesta, dove è possibile ammirare e studiare gli altri oggetti non esposti al pubblico, ma organizzati sempre con lo stesso criterio geografico.

Di notevole interesse sono: i modelli di edifici religiosi appartenenti a diverse confessioni, come il Tempio del Cielo di Pechino risalente al XV secolo ma rifatto nel XVIII, l’altare di Confucio e il Tempio shintoista dell’antica capitale giapponese Nara; le statue di culto, in gran parte di dedicazione buddista, testimonianza della vita religiosa in Tibet, Indonesia, India e nei paesi dell’Estremo Oriente; i reperti appartenenti alla cultura islamica e dell’Africa Centrale; gli oggetti e le opere d’arte provenienti dal continente americano, in particolare Messico, Guatemala e Nicaragua.