La ex chiesa era sede dell’omonima confraternita, derivata dall’originario movimento dei Disciplinati, già documentata nel 1367 e nel 1642 con Bolla di Urbano VIII, aggregata all’altra compagnia di San Giovanni Decollato di Roma. Questa confraternita era incaricata di assistere i condannati a morte che venivano poi sepolti nella chiesa, come testimoniato dai resti qui rinvenuti. Le esecuzioni capitali venivano eseguite nella piazzetta antistante il Duomo e il Palazzo Vescovile, dopo che il condannato aveva trascorso gli ultimi tempi nelle prigioni del vicino tribunale che si trovava nella via Inferior (attuale via del Popolo). Sul lato che fiancheggia via Sant’Andrea sono visibili un’edicola cuspidata e una stella a cinque punte.

All’interno si trovano due interessanti affreschi riferibili alla Bottega del Signorelli. Alcuni individuano in questo edificio il luogo della bottega di Signorelli e poi il luogo in cui il giovane Raffaello, durante la sua permanenza in città, dipinse lo stendardo della Santissima Trinità, oggi nella locale Pinacoteca, e lo Sposalizio della Vergine, arrivato dopo varie vicissitudini a Milano presso la Pinacoteca di Brera.