La Diocesi di Foligno, come la maggior parte degli archivi diocesani italiani, conserva soprattutto documentazione prodotta a partire dal secolo 16., anche se, secondo quanto riporta un inventario settecentesco, alcuni registri della Cancelleria esistevano dal secolo XIII. Organizzato sotto il vescovo Marco Antonio Bizzoni (1586-1606), l'archivio fu riordinato e inventariato al tempo del vescovo Giosafat Battistelli (1717-1735), fu rinnovato e ridotto a miglior forma da Antonio Marsili nel 1725, aggiornato dai cancellieri seguenti fino al 1829. Negli anni successivi a questo periodo ebbe grande rilievo l'operosità di mons. Michele Faloci Pulignani, stimato storico e pubblicista. Per gli anni 1883-1915 di sicuro interesse si dimostra la documentazione prodotta relativa agli incarichi dei quali fu investito, e cioè il Protocollo generale della Curia Vescovile e del Vicariato Capitolare. Dopo la morte del Faloci (1940), viene prodotta documentazione relativa alla gestione del patrimonio della Mensa Vescovile, ai continui rapporti con l'autorità civile e in particolare ai lavori di restauro inerenti le chiese, soprattutto l'Episcopio.
