Fondata prima del 1000, l'abbazia di Prataglia è nota a partire dal 1002, come si legge in un diploma di Ottone III Imperatore, precedente quindi alla fondazione di Camaldoli. In pochi anni i monaci aumentarono di numero e nel settembre 1008 fu consacrata la nuova chiesa da parte del vescovo di Arezzo Elemperto, che aveva anche fatto ingrandire il monastero, assegnandogli selve, vigne e campi lungo l'Archiano, nei pivieri di Partina e Bibbiena.
La chiesa attuale, unico resto dell'antica abbazia, ha una facciata molto semplice con un portale con arco a tutto sesto, sormontato da una piccola finestra e sopra la porta una terracotta moderna con la Glorificazione di Maria. L'interno è a navata unica, coperta a capriate, con abside semicircolare.
Interessante la cripta, posta sotto il coro rialzato, a tre navate e due campate, con archi a tutto sesto e volte a crociera, e con capitelli di diversa foggia, dei quali due, ornati di palmette e foglie d'acanto probabilmente frutto di spoglio, sono provenienti forse da qualche edificio preesistente di epoca romana. La cripta è stata restaurata nel 1910. Un'apertura rettangolare nella parete di fondo serviva a contenere le reliquie dei martiri. Da notare una figura umana, scolpita a bassorilievo, con le mani alzate, figura simile a quella che si ritrova sulla facciata della Pieve di Montemignaio e che rappresenta l'antico orante.
La chiesa, trasformata profondamente da una serie di restauri, aveva probabilmente due torri a lato dell'abside e, se così fosse stato, avrebbe ripetuto una tipologia di chiesa comune alla aree del Nord Europa. Le due torri furono probabilmente abbattute nel 1510, quando venne costruita l'abitazione del parroco; i due altari laterali e il fonte battesimale della chiesa sono del 1630 e probabilmente i restauri del 1929 che, secondo i canoni dell'epoca, cercavano di riportare all'aspetto originale le chiese romaniche, hanno distrutto delle decorazioni barocche e rinascimentali stratificatesi nel corso del tempo. Durante i restauri, nel 1930, venne costruito anche il campanile. Un ulteriore restauro venne compiuto tra il 1969 e il 1974 da parte della Sovrintendenza di Arezzo, durante il quale furono tolte le finte bozze di pietra ad intonaco poste all'interno nel 1929, riscoprendo così l'antica muratura in pietra.
