L'edificio venne costruito nel 1878, trasformando una piccola cascina che sorgeva già dal 1721, dagli architetti Fausto e Giuseppe Bagatti Valsecchi, discendenti della nobile famiglia milanese Bagatti che si stabilì in campagna a partire dal 1523 per sfuggire alla peste.
La costruzione si erge in fondo ad un lungo viale costeggiato di pioppi e tigli. Nello spazio antistante alla villa si sviluppa un'ampia corte d'onore con il porticato. La base dell'edificio è costituita da un blocco lineare e sulla sua sommità spicca la loggia realizzata grazie al recupero delle colonne dall'ormai demolito convento milanese di Sant'Erasmo di epoca quattrocentesca.
Nel giardino della villa, lungo le mura di confine, è inoltre posta una porzione delle mura del lazzaretto di Milano (precisamente la porzione di mura un tempo sita davanti all'odierna via Lecco) ivi trasferita durante la sua demolizione alla fine del XIX secolo. È l'unica porzione di mura oggi esistente oltre alla breve porzione antistante la Chiesa Russa Ortodossa di via San Gregorio a Milano e alle otto campate trasportate dai Melzi d'Eril nell'omonima villa a Bellagio.
