Il tempio di San Francesco ha sostituito un edificio di culto precedente, fondato dallo stesso Francesco nel 1222 e presso il quale dimorava durante la sua permanenza a Gaeta. Questa venne ricostruita in stile neogotico per volere di Carlo II d'Angiò, con struttura di carattere monumentale, nel XIV secolo e, nel XIX secolo, Ferdinando II delle Due Sicilie affidò a Giacomo Guarinelli un radicale restauro dell'edificio, durante il quale vennero sovrapposte alla struttura trecentesca decorazioni neogotiche.

Il sagrato è preceduto da una grande scalinata, al centro della quale si trova la statua della Religione con in mano la croce, opera di Luigi Persico. La slanciata facciata neogotica ha un bel portale strombato ed un grande rosone; è decorato dalle sculture marmoree raffiguranti i due sovrani che vollero la costruzione e la ricostruzione della chiesa e del santo dedicatario.

L'interno a tre navate, dominato dal colore giallo dei muri, è illuminato da grandi finestre con vetrate policrome. Nell'abside poligonale, dominata dalla statua del Redentore, si trova l'altar maggiore in stile neogotico, realizzato in stucco dipinto a finto marmo; in fondo a ciascuna delle due navate laterali, vi è un altare in marmi policromi.