Anticamente conosciuto come abbazia di San Giovanni in Lamis, l'imponente monastero è situato a circa un paio di chilometri ad est di San Marco in Lamis alle pendici del monte Celano (871 m). Non si hanno date certe sulla fondazione del santuario probabilmente fondato dai Longobardi, ma sicuramente l'esistenza di una chiesa e di un ospizio erano cosa certa già dal V-IV secolo. La prima data certa che troviamo nei documenti è quella del 1007.

Inizialmente doveva avere più le sembianze di una fortezza, grazie ai suoi contrafforti e alla sua posizione, quasi a controllo della valle dello Starale. Per quanto riguarda la facciata centrale, bisogna ricordare che fu munita della attuale scalinata nel 1838, la quale conduce all'ingresso che a sua volta conduce attraverso una serie di archi e vele al chiostro di forma rettangolare che ci rimanda a quello spirito benedettino che mostra le origini della costruzione.

Dal chiostro si può ammirare il loggiato cinquecentesco e il piazzale medievale alla cui sommità è posta una statua raffigurante l'Arcangelo Michele. Un lungo corridoio conduce alla chiesa a un'unica navata che presenta un presbiterio rialzato completamente realizzato con marmi policromi da maestri napoletani. Sui muri si notano i resti di affreschi medievali, tra i quali vi è la rappresentazione di san Francesco in visita sul Gargano e i resti di un Giovanni Battista. Lateralmente vi sono degli altari minori di stile barocco realizzati con pietra di Monte Sant'Angelo dedicati a San Giuseppe, l'Immacolata Concezione, Sant'Antonio da Padova e San Giovanni Battista da cui si ha il nome canonico della chiesa. Nell'abside è collocato un coro in legno massiccio che alcuni ignoti frati minori del convento intagliarono nel 1600.