La piccola cripta di Sant’Apollonia è una testimonianza importantissima della devozione cristiana dei primi secoli dopo Cristo. La cripta è grande 11 metri per 7 e alta intorno ai 2 metri. Secondo alcuni, il piccolo tempio potrebbe essere stato costruito tra il III e il IV secolo dopo Cristo. Si ritiene che la cripta sia stata dimora di un eremita: ciò è testimoniato dal ritrovamento di un sedile in pietra, che potrebbe essere stato lo scomodo giaciglio di un monaco. Altri, invece, fanno risalire la cripta al VI secolo e la sua fondazione ad opera dei monaci basiliani. E' stata osservata la presenza di più affreschi sovrapposti: quelli più antichi risalirebbero all’XI secolo quelli più recenti al 1758. Tra le rappresentazioni, in larga parte perdute, resta riconoscibile quella raffigurante Sant’Apollonia, martire vissuta intorno al III secolo d.C. Il martirologio racconta che la santa fu aggredita da una sommossa scatenata da un indovino pagano, nella quale le furono strappati i denti con delle cesoie. Per questo motivo divenne la santa protettrice dei dentisti.

Si ritiene che il culto legato alla cripta sia decaduto a partire dal 1480, anno in cui i turchi invasero il Salento, distruggendo molte delle testimonianze storiche locali. Ad oggi della cripta di Sant’Apollonia rimane il pilastro centrale che sorregge la volta e una scala, che era usata come accesso principale.