Iniziata nel 1489 da un ignoto architetto, la chiesa fu completata nel 1567. Essa presenta una facciata attribuita al Vignola (ma alcuni la attribuiscono a Martino Longhi il vecchio), mentre l'interno si deve a Guidetto Guidetti, rinomato allievo di Michelangelo, il quale trasformò il progetto originario a croce greca (quattro absidi) nell'impianto a croce latina e tre navate.
La Madonna dell'Orto, incoronata dal Capitolo Vaticano nel 1657 compare nella raccolta della fine del Settecento dell'incisore romano Pietro Bombelli. Si conservano opere dei fratelli Federicoe Taddeo Zuccari, di Corrado Giaquinto e di Giovanni Baglione. La chiesa è ancor oggi custodita dall'Arciconfraternita di S. Maria dell'Orto che, per anzianità di istituzione pontificia, tra quelle ancora attive in Roma è la più antica dedicata alla Beata Vergine e tra le prime in assoluto.
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