Intorno all'anno 939, Alberico, principe dei Romani, trasformò il suo palazzo, sull'estremità meridionale dell'Aventino, in un monastero di monaci benedettini, monastero che fiorì specialmente nel X e XI secolo; la chiesa era originariamente dedicata a san Basilio. Nel XII secolo divenne proprietà dell'ordine dei cavalieri templari cui subentrarono, nel 1312, i cavalieri gerosolimitani che dedicarono la chiesa alla Madonna e lasciarono il convento sotto il pontificato di papa Paolo II, nel terzo quarto del XV secolo; nel XVI secolo, fu oggetto di restauri.

L'intero complesso venne radicalmente ristrutturato in forme barocche per volere del cardinale Giovanni Battista Rezzonico tra il 1764 e il 1765, su progetto di Giovanni Battista Piranesi.