La chiesa di San Zeno si trova in piazza San Zeno, all'estremità nord-est del centro di Pisa appena dentro l'omonima porta. La chiesa, documentata dal 1029, faceva parte di un'abbazia e fu edificata su edifici preesistenti: durante recenti scavi sono state rinvenute le fondamenta di un edificio triabsidato. Nel XII secolo era in uso ai monaci camaldolesi; fino al XV secolo le fu un annesso un ospedale.

Presenta la struttura a tre navate; la facciata è preceduta da un portico sorretto da pilastri e colonna centrale; nel secondo ordine si aprono bifore; sono presenti decorazioni a losanghe e oculi, con sette bacini ceramici islamici dell'XI secolo (copie; gli originali sono al Museo di San Matteo). L'interno conserva capitelli romani di spoglio e scarsi resti di pitture murali medievali. Il campanile, dopo il crollo del 1409, non fu più ricostruito. La chiesa è di proprietà comunale.