La chiesa venne costruita sopra un edificio preesistente come risulta dalla pavimentazione in cotto che si trova sotto la quota del presbiterio. Ancora visibile la data del 1473 sull'architrave di un portale esterno, poi murato, che dovrebbe indicare la data di consacrazione.
L'interno si presenta ad unica navata a pianta rettangolare, ma non come l'originale quattrocentesco. Il restauro del 1857 ci riporta una navata suddivisa in cinque campate con lesene a sesto acuto in stile neogotico terminanti a crociera e con capitelli che poggiano sull'alto basamento di pilastri in stucco lucido ad imitazione del marmo. Le campate a vela sono riccamente decorate. Ogni campata è adornata da una nicchia dove è presente una statua: San Francesco, un Ecce Homo sembra del quattrocento, sant'Anna con la Madonna, nella successiva la statua di sant'Antonio da Padova e per ultima la Pietà.
Sul presbiterio vi si trovano, oltre l'altare centrale, due laterali: in quello a sinistra è posizionato il polittico di Lorenzo Lotto e in quello di destra la statua della Madonna del rosario, mentre il coro è absidato e con la volta a catino. L'altare maggiore posto dopo il Concilio Vaticano II in legno dorato, include il paliotto opera di Francesco Antonio Caniana del 1773. A sinistra si trova il fonte battesimale in pietra risalente al XV secolo, mentre la coprifonte in rame è stata realizzata nel XX secolo. Ai due lati del presbiterio vi sono due altari, in quello di destra dedicato alla Madonna del Rosario, si trova una statua lignea addobbata con abiti dorati, in quello di sinistra l'ancona di Gian Francesco Fossati conserva il polittico di Lorenzo Lotto.
Il polittico, fu eseguito nel 1522 su commissione dei confratelli della scuola del Corpo di Cristo che lo vollero dedicato al Corpo di Cristo, a Giovanni battista e Giovanni evangelista, e che doveva essere ultimato per la Pasqua del 1522. L'ancora dorata, che era già presente nel 1521, venne eseguita da Pietro Maffeis di Zogno. Il polittico è suddiviso in sei tavole che sono state restaurate nel 1902.
Al centro del presbiterio si trova l'altare maggiore in legno intagliato e dipinto dagli intarsiatori della famiglia Caniana. Il presbiterio termina con il coro ligneo del XVI secolo e tre grandi tele. La prima a sinistra è una Madonna col Bambino in gloria con san Sebastiano sant'Antonio san Rocco e san Carlo Borromeo opera di Carlo Ceresa firmata e datata 1648.
La controfacciata presenta una grande bussola d'ingresso sempre in neogotico, così come i due ingressi minori laterali, ed è sormontata da una tela del seicento rappresentante l'Adorazione dei Re Magi. A sinistra una tela raffigurante Transito di san Giuseppe, e due dipinti sempre di autore anonimo che rappresentante san Vincenzo e sant'Alessandro.
Si consiglia di verificare la corrispondenza degli orari di apertura contattando direttamente la struttura.
