La chiesa di San Filippo Neri (o chiesa del Santo Spirito) fu costruita a partire dal 1594 per mano della congregazione dei Padri Filippini e fu consacrata nel 1607: realizzata su un dirupo che aveva dato da subito problemi di stabilità la costruzione proseguì con fatica e la facciata non fu mai terminata.
Successivamente la chiesa venne chiusa al culto nel 1925; dopo consistenti restauri delle strutture e dei decori venne riaperta nel 1928. A seguito di un imponente movimento franoso, nel 1958 vennero eseguite delle opere di Pronto Intervento a tutela della pubblica incolumitá, consistenti essenzialmente in puntellamenti. Negli anni ’80 del Novecento la chiesa fu spogliata delle sue opere a causa delle sue condizioni precarie che furono trasferite nel nuovo polo museale di Palazzo dei Priori.
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