All'epoca della costruzione del Lazzaretto di Milano, edificato da Lazzaro Palazzi alla fine del XV secolo, fu costruito un altare di modeste dimensioni al centro del recinto stesso in modo tale che le funzioni officiate potessero essere agevolmente viste e sentite dai malati presenti in qualsiasi punto del lazzaretto. A seguito della grande epidemia di peste del 1576, l'arcivescovo Carlo Borromeo diede incarico al proprio architetto di fiducia, Pellegrino Tibaldi, di costruire un nuovo edificio di culto sul luogo del precedente. Venne costruito così il presente edificio, un'edicola a pianta centrale, di forma ottagonale, aperta su tutti i lati. L'edificio continuò a svolgere la sua funzione per tutto il XVII secolo, finché, nel 1797, a seguito della conquista francese del ducato di Milano, il lazzaretto fu destinato a scopi militari. All'epoca in cui Milano era capitale della Repubblica Cisalpina, venne dato incarico all'architetto Giuseppe Piermarini di trasformare la chiesa in Tempio della Patria. Piermarini demolì la cupola originaria dell'edificio, mentre le pareti esterne risultavano già murate. A partire dal 1582 per volere di san Carlo Borromeo la chiesa del Lazzaretto era stata meta di una solenne processione cittadina di suffragio per le vittime della peste che partiva dal Duomo con la partecipazione del clero della cattedrale e del popolo. La solenne processione fu celebrata ogni anno nel lunedì di Pentecoste e cessò con l’occupazione francese.

L'edificio si sviluppa attorno a una pianta centrale di forma ottagonale. Ogni lato è costituito da una serliana, oggi murata, sorretta da colonne in pietra di ordine ionico. All'interno è presente un ulteriore più piccolo giro di colonne e pilastri che sorreggono la cupola e la lanterna, che ripetono nella forma la struttura esterna. Su ogni lato della cupola e della lanterna si apre un oculo di forma rotonda.