La chiesa dei Santi Tommaso e Prospero si trova nella parte medievale dell'abitato di Certaldo. Attualmente non viene più officiata ed è di proprietà comunale e fa parte del complesso museale del Palazzo Pretorio. L'opera più importante ospitata al suo interno sono gli affreschi staccati del grande tabernacolo dei Giustiziati dipinto da Benozzo Gozzoli nel XV secolo.

La realizzazione dell'opera certaldese viene solitamente ritenuta contemporanea agli affreschi delle Storie della vita di sant'Agostino nella chiesa del santo a San Gimignano ed è considerato il prototipo di tutti i tabernacoli che il Gozzoli e la sua bottega realizzeranno in seguito a Legoli, alla Dogana, a Castelfiorentino.

Giusto d'Andrea, figlio del pittore Andrea di Giusto, scrive nel suo Diario che l'impresa di Certaldo fu l'ultima al fianco del maestro Gozzoli: dal primo marzo 1465 prese in affitto una bottega di pittura dallo Spedale di Santa Maria Nuova a Firenze.

Oltre a Giusto d'Andrea troviamo Pier Francesco Fiorentino, che in seguito molto lavorerà proprio a Certaldo a partire dal 1483, e Giovanni della Cecca, nipote del Beato Angelico. Giovanni fu coinvolto in un fatto increscioso: in una lettera del 1467 di Benozzo Gozzoli indirizzata a Lorenzo il Magnifico, si chiedeva l'intervento risolutore del Medici per la liberazione del collaboratore imprigionato nelle carceri del Palazzo Pretorio di Certaldo con l'accusa di aver rubato delle lenzuola in un convento, verosimilmente quello di Sant'Agostino a San Gimignano, che lungamente lo aveva ospitato. Giovanni rischiava di dover passare davanti al tabernacolo, che aveva contribuito a dipingere, ma nella veste di condannato a morte.