La biblioteca Morcelliana si è costituita attorno al lascito di 2.358 opere di Stefano Antonio Morcelli, avvenuto nel 1817 a beneficio del collegio clarense, retto allora dalla Congregazione di carità. Nell'attuale sede, il salone che ospita la libreria venne eretto dall'architetto Vigliani e conserva l'impianto biblioteconomico voluto dal fondatore. Le opere infatti sono divise in sedici classi, più quattro di testi miscellanei, specchio degli interessi di un erudito ecclesiastico, che fece esperienza come bibliotecario presso la potente e ricca famiglia Albani di Roma. Aperta nel 1822, attualmente la biblioteca consta di circa 70.000 volumi, tra cui 55 incunaboli, un migliaio di cinquecentine, migliaia di edizioni dei secoli XVII-XVIII; un migliaio i manoscritti, pergamene e documenti notarili dei secoli XII-XVIII.
Tutto il patrimonio è entrato per aggregazione di diverse donazioni, fatte da privati e con il trasferimento di librerie conventuali. Tra i numerosi lasciti segnaliamo in ordine cronologico: 1833 don Antonio Faglia; 1843 don Tommaso Begni (1.382 opere, gran parte delle quali recano nel verso delle coperte note di rarità e pregio e dimostrano che, oltre a essere stato il primo bibliotecario, Begni fu anche un attento studioso e buon bibliofilo); Lodovico Ricci (canonico e letterato clarense noto per il suo prezioso carteggio con alcuni dei maggiori intellettuali della seconda metà del Settecento e primi anni dell'Ottocento); 1854 Pietro Repossi; 1856 don Vincenzo Ghidini; 1871 biblioteca del convento della Badia di Brescia; 1877 biblioteca del Convento dell’Annunciata di Borno; 1877 don Faustino Bocchi (1.355 opere, secondo bibliotecario della Morcelliana anch'egli raccoglitore di pubblicazioni di pregio); 1878 don Vincenzo Frattini; 1888 senatore Ferdinando Cavalli, economista e studioso di dottrine politiche (3.000 opere più circa 6.000 opuscoli); 1914 monsignor G.B. Rota (vescovo di Lodi, storico clarense che lasciò tutta la sua raccolta e lo stesso fece la sua famiglia); 1933 Bernardino Varisco, filosofo, professore, scrittore (3.600 edizioni e oltre 2.000 lettere); 1953 filosofo Adolfo Faggi; 1967 don Giuseppe Grazioli; 1974 avv. Paolo Scarpetta; 2000 parte della biblioteca Collegio salesiano di Fiesco (CR); 2000 Ione Belotti dona il fondo don Luigi Funazzi (ca. 7000 volumi); 2001 Grazia Parinetto dona la biblioteca del fratello, il filosofo Luciano Parinetto, circa 7000 volumi.
Da questo sintetico elenco è facile comprendere come la Morcelliana racchiuda in sé una sorta di sito "archeologico - bibliografico", ricco di preziose informazioni sulla cultura, sul gusto e sulle scoperte dei tempi. I fondi rivelano gli interessi dei possessori: così riuniti, fanno emergere un aspetto enciclopedico, con particolare approfondimento per la teologia, storia, letteratura, arte, scienze, giurisprudenza, economia, filosofia.
