Risalente al V secolo, dedicata a santa Pudenziana, sorella di santa Prassede e figlia del senatore romano Pudente; è la chiesa nazionale dei filippini e sede del titolo cardinalizio omonimo.
Il corpo della basilica è in gran parte frutto dei lavori di ristrutturazione affidati a Francesco Capriani detto il Volterra dal cardinale Enrico Caetani. Le capriate furono sostituite da volte, il coro duecentesco fu rimosso, e vengono realizzati pilastri che dividono lo spazio originariamente unico in tre navate. I lavori, che compresero la demolizione del portico esterno, furono completati nel 1588.
La facciata fu restaurata nel 1870 per volontà del cardinale titolare Lucien-Louis-Joseph-Napoléon Bonaparte, nipote di Napoleone. Al centro in basso è il portale timpanato risalente al periodo del Cardinale Caetani (1586 - 88), in cui è reimpiegato, sotto il timpano, un fregio romanico con motivi floreali e fitomorfi proveniente dal precedente portale.
Sul fianco sinistro è il campanile duecentesco a cinque ordini, che presenta loggette, trifore e dischi di marmi policromi.
L'interno a tre navate ha l'aspetto assunto durante la ristrutturazione voluta nel 1588 dal cardinale Enrico Caetani su progetto di Francesco Capriani detto il Volterra.
La seconda cappella a destra, dedicata alla Madonna della Misericordia, contiene all'altare un dipinto cinquecentesco anonimo raffigurante la Madonna della Misericordia. Le tele ai lati rappresentano la Natività di Maria e la Natività di Gesù e sono state dipinte da Lazzaro Baldi nel 1690. Il Baldi è autore anche dell'affresco con l'Annunciazione e delle lunette raffiguranti il Profeta Geremia e la Sibilla eritrea.
Nell'interno vi sono opere anche di Giovanni Battista Della Porta che eseguì la statua di Cristo consegna le chiavi del cielo a San Pietro e di Achille Tamburini (Crocefisso di bronzo).
Il mosaico dell'abside, raffigurante il Messia (Cristo) circondato dagli Apostoli, risale a circa il 390 ma non è il più antico mosaico absidale di Roma sopravvissuto, primato che spetta a quelli delle due absidi di Santa Costanza (360).
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