La chiesa sorge a circa 3 Km. da Manfredonia ed è un mirabile esempio di architettura romanico-pugliese, con influssi islamici e armeni. L’edificio, che si compone di due chiese sovrapposte, occupa una superficie quadrata di circa 18 m di lato. La chiesa superiore costituisce la Basilica vera e propria.

La chiesa inferiore, o cripta, cui si accede attraverso una scalinata esterna, fu sistemata nel 1708 con i resti dell’antico e prestigioso Duomo sipontino. Così si legge in una lapide murata sulla porta. Di particolare pregio risulta il portale, costituito da un insieme di archi, tutti finemente abbelliti a fogliame o a intagli geometrici e ben armonizzati fra di loro. Due di essi, sporgenti e sovrapposti, poggiano su mensole sostenute da colonne su leoni. Sulle mensole due animali più piccoli. Altri due archi, incassati e rinsaldati, mostrano in tutta l’ampiezza le loro decorazioni su materiale più chiaro, conferendo all’insieme vivacità e movimento.

La cripta è notevole per le venticinque volte quadrate a crociera e per gli archi a tutto sesto poggianti su venti colonne marmoree con capitelli di forme diverse. Si notano quattro grossi piloni circolari in pietra in corrispondenza di quelli della chiesa superiore. Nella cripta vi era “la Sipontina”, una statua lignea del IV – V sec. conosciuta anche come la “Madonna dagli occhi sbarrati”; ora è conservata nel Duomo di Manfredonia.