L'Archivio di Stato di Genova fu istituito nel 1817 per custodire i documenti della Compagna Communis e della Repubblica di Genova: l'Archivio Segreto, l'Archivio Palese, gli archivi delle magistrature minori e quello dell'Eccellentissima camera.
Nel 1821 l'Archivio di Stato di Genova ha acquisito l'archivio del collegio notarile della città, ovvero la raccolta degli atti rogati dai notai genovesi dal 1154. Si tratta del corpus di gran lunga più importante conservato nell'Archivio di Genova, in quanto è il più antico e vasto archivio notarile del mondo, che conserva le più antiche imbreviature esistenti. Esso si segnala in particolare per la varietà delle tipologie contrattuali conservate: vi si trovano alcuni fra i più antichi contratti conosciuti relativi a compravendite, assicurazioni, costituzioni di società, testamenti e inventari, fondamentali per ricostruire la storia economica della Repubblica di Genova e della cultura occidentale in generale. Infatti la documentazione conservata aiuta a comprendere anche la storia economica, sociale e culturale dei paesi che avevano rapporti con Genova, dall'Inghilterra alle Fiandre, dalla Spagna al Maghreb, dal Levante al Mar Nero.
Nel 1881 l'Archivio di Genova ha acquisito anche l'ampio corpus relativo alla Casa delle compere e dei banchi di San Giorgio comunemente detta Banco di San Giorgio. Si tratta di un'altra peculiarità di questo Archivio, dovuta alla particolare storia della Città. Il Banco fu un potente istituto finanziario a livello internazionale, dal 1407 al 1805, che gestiva l'impero coloniale genovese e fu la prima banca pubblica d'Europa, dove si sperimentarono tecniche e strumenti finanziari che sarebbero stati poi applicati nel mondo intero.
Fra gli altri motivi di importanza dell'Archivio di Genova bisogna ricordare che è l'unico Archivio dell'Occidente che conservi gli originali di documenti bizantini del XII secolo. Esso custodisce inoltre un corpus di fonti colombiane nonché documenti fondamentali per la storia del nostro Risorgimento.
