Dal 2012 gli ASUE sono ospitati nella sede storica di Villa Salviati a Firenze. Dal 2000 Villa Salviati è di proprietà dello Stato italiano che, dopo una profonda opera di restauro, l'ha destinata ad ospitare gli ASUE dotando i suoi depositi sotterranei di oltre 11 chilometri di scaffalature.
I fondi archivistici provengono dalle istituzioni dell'Unione Europa, dalle istituzioni che le hanno precedute e da alcune Agenzie dell'UE. Tra questi fondi vi sono gli archivi della Comunità Europea del Carbone e dell'Acciaio (CECA), della Comunità Economica Europea (CEE), della Comunità europea dell'energia atomica (Euratom), dell'Assemblea Comune della CECA, dell'Assemblea Parlamentare Europea, della Corte di Giustizia delle Comunità Europee, del Comitato Economico e Sociale, della Corte dei conti europea e della Banca europea degli investimenti.
Altri fondi comprendono gli archivi dell'Agenzia Spaziale Europea, dell'Assemblea parlamentare dell'Unione Europea Occidentale, del Consiglio dei Comuni e delle Regioni d'Europa, della Lega Europea per la Cooperazione Economica e una consistente collezione di archivi federalisti come le carte del Movimento Europeo Internazionale, dell'Unione dei Federalisti Europei e del Centro Internazionale di Formazione Europea.
Un programma di digitalizzazione dei documenti e delle fotografie di vari fondi lanciato nel 2006 ha portato alla scansione di oltre 14.000 unità digitalizzate direttamente consultabili sul sito degli Archivi in formato pdf. Allo stesso modo, oltre 600 trascrizioni d'interviste realizzate nel quadro dei programmi europei di storia orale sono accessibili dal sito web degli Archivi.
