L'abbazia fu fondata nell XI secolo dai monaci Crociferi, che esercitavano opere di accoglienza gratuita dei malati ospitando i pellegrini e i viandanti. Nel 1656, però, questo ordine monastico venne soppresso da Alessandro II e l'abbazia, per disposizione dei Sommi Pontefici, divenne proprietà di diversi prelati ecclesiastici e i suoi terreni, un tempo fecondi, si trasformarono in zone paludose e malariche.

Nel 1794 l'abbazia venne affidata, da Papa Pio VI, all'ordine dei Cistercensi, che la riportarono al suo antico splendore fino a quando venne confiscata da Napoleone e donata a sua sorella Paolina. In questi anni l'edificio cadde nuovamente in uno stato di abbandono, e solo fra la fine dell'ottocento e l'inzio del novecento la famiglia Volpini, che acquistò la proprietà che tuttora detiene, intraprese l'opera di bonifica dei terreni ed il successivo restauro del complesso abitativo con la trasformazione dell'antica cripta nell'attuale chiesa.