Il Museo d'Arte Sacra "Padre Castelli" ospita le opere disperse in seguito alla soppressione napoleonica dei conventi, raccolte da padre Aurelio Castelli: pitture, sculture, stampe, sigilli, opere miniate e corali di proprietà della Basilica. Tra questi, la lapide sepolcrale di Niccolò Piccolomini (1476), diciassette corali miniati realizzati nello scriptorium del convento (secolo XV ), il reliquiario di San Bernardino dell'orafo Francesco d'Antonio (1462), i paramenti dei secoli XV-XVII ed il prezioso trattato De animalibus di Alberto Magno (secolo XIII).