Riconoscibile già dall'esterno, dove sono presenti alcuni elementi architettonici legati alla tradizione agricola del posto (come uno "stinniture" o un "furniddu" utilizzati per l'appassimento uva), il museo è un tripudio di attrezzi agricoli utilizzati dai contadini panteschi fin dall'antichità per la raccolta dei capperi e per la lavorazione dei terreni. All'interno della struttura, nella sala audiovisiva, un documentario di circa 15 minuti che racconta l’intero ciclo annuale del cappero: dalla potatura invernale delle piante fino al confezionamento del prodotto maturato a fine anno. Le esperienze sensoriali, poi, permettono di annusare i profumi dei capperi di Pantelleria e confrontarli con quelli di altre origini nonché toccare con mano i vari tipi di rocce dove i capperi mettono radici e conferiscono alcune importanti caratteristiche ai capperi stessi.