Il Museo ha come scopo fondamentale la salvaguardia del patrimonio dei beni culturali ecclesiastici consentendone l'esposizione nel contesto d'origine.

Al suo interno, ben rappresentata è la storia locale, fortemente caratterizzata dalla fortunata posizione strategica e dall'incontrarsi e fondersi di popolazioni di provenienza diversa: dai sardi ai corsi, dai campani fino ai genovesi, ai toscani ed ai piemontesi.

In primo piano è il nascere e svilupparsi della comunità religiosa, riccamente testimoniata, anche, dal "Tesoro di Santa Maria Maddalena" : preziosa raccolta di gioielli offerti come ex voto nel corso di circa due secoli e mezzo.

Notevole attrattiva è il corredo d'altare (due candelieri ed un crocifisso d'argento in stile neoclassico) donato dal celebre Ammiraglio Nelson, che accompagnò il dono con una sua lettera autografa.

Nel Museo si possono, inoltre, ammirare statue lignee policrome datate dalla fine del 1600, antiche documentazioni delle offerte, arredi e paramenti sacri, stampe ed incisioni originali costituenti una copiosa sezione rivolta all'iconografia della Santa Patrona.

Le visite guidate al Museo Diocesano possono essere in italiano, inglese, francese e spagnolo ed i visitatori potranno ricevere del materiale informativo anche in tedesco, oltre che nelle lingue elencate. Sono disponibili articoli religiosi, libri e souvenires.