L’Archivio Storico Diocesano di Alghero trova ubicazione nel Palau del Bisbe (Palazzo del Vescovo). L’immobile, originariamente casa privata, fu acquistato alla fine del XVI secolo dal vescovo Andrea Baccallar (1578-1604) che lo trasformò in sede vescovile. Uno dei primi documenti che testimonia l’istituzione dell’Archivio diocesano di Alghero è Il sinodo diocesano celebrato nella cattedrale tra il 1567 e il 1570. Diverse furono le ristrutturazioni al quale fu sottoposto per garantire una migliore conservazione e un opportuno utilizzo della documentazione, ultimi i lavori dal 1995 al 2002, anno nel quale vennero inaugurate le nuove sale.
La documentazione presente è divisa in vari fondi: il Fondo della curia vescovile (XVI-XX sec.), il Fondo del tribunale ecclesiastico (XVI-XX sec.) e il Fondo del capitolo della cattedrale (XV-XX sec.). A questi si uniscono altri fondi minori e privati. Si trovano documenti redatti in varie lingue come, il catalano (dal XIV secolo), il castigliano, il sardo e l’italiano introdotto tra la fine del XVIII e l’inizio del XIX secolo a seguito della dominazione sabauda. Sicuramente però la lingua utilizzata più ampiamente, nella documentazione presente dal XVI al XX secolo, è il latino.
