Il museo trae le sue origini dal Museo Mineralogiae et Historia Naturalis che, nel 1805, durante il Pontificato di Pio VII, fu allestito presso l'Archiginnasio della Sapienza. Altri oggetti sono ancora più antichi, e derivano dalla collezione che il gesuita Atanasio Kircher organizzò attorno alla prima metà del Seicento al Collegio Romano.
Si consiglia di verificare gli orari di apertura sui siti web dei musei prima della visita.
