Il museo è suddiviso in due sezioni di cui la prima è dedicata ad Egitto e Sudan mentre la seconda è dedicata alla Palestina, alla Siria, alla Tunisia, alla Sardegna, alla Sicilia, a Malta ed a Pantelleria.

Sono esposti:

- Corredi funerari
- Frammenti di ceramiche
- Affreschi
- Resti di opere architettoniche provenienti da Antinoe in Egitto
- Lucerne
- Oinocoe
- Monete del I secolo d.C.