Il patrimonio documentale comprende l’archivio di Sergio Flamigni e i fondi archivistici di Emilia Lotti, dirigente nazionale dell'Unione donne in Italia e del Pci; Piera Amendola, responsabile dell’archivio della Commissione P2; Aldo Moro, il cui versamento completa e arricchisce il patrimonio archivistico del politico conservato presso l’Archivio centrale dello Stato; Angelo La Bella, partigiano, dirigente del Pci, studioso della strage di Portella della Ginestra; Giuseppe De Lutiis, storico del terrorismo e dei servizi segreti. L’intero patrimonio è riconosciuto di notevole interesse storico e pertanto sottoposto al vincolo della Soprintendenza archivistica e bibliografica del Lazio.
L’Archivio Flamigni cura anche il fondo archivistico di Giuseppe Zupo, difensore di parte civile nel processo per gli omicidi Reina, Mattarella, La Torre-Di Salvo e del giornalista RAI Alberto Mentasti, di proprietà dell’Istituto di studi giuridici Arturo Carlo Jemolo.
