Nell'atrio sono materiali lapidei riferibili alla fabbrica della Cattedrale e a chiese del centro storico; in particolare statua in pietra di San Rocco (XVI-XVII secolo) e campana della chiesa di Sant'Anna, del maestro Bartolomeo (XIV secolo).

Nelle sale sono esposte l'Idria di marmo serpentino realizzata nell'VIII secolo in Egitto; la teca di San Teodoro, lavoro d'oreficeria meridionale del XIII o XIV secolo, a lastre d'argento sbalzate con Scene della vita del Santo; resti di tessuto orientale (sciamito) del Duecento dalla teca di San Teodoro; leggio ligneo della chiesa di San Benedetto del 1665.

Tra i dipinti una pregevole tela di Antonio Verrio (Cacciata di Agar) e altri di botteghe locali o di scuola romana e napoletana: Madonna con Bambino, tela di bottega locale della seconda metà del XVI secolo; San Francesco Saverio, del brindisino Giovanni Scatigno (1749); Madonna del Purgatorio, di Barnaba Zizzi (1789); L'Angelo con la scala della Croce, simbolo della Passione attribuito ad ambito di Simon Vouet; Maddalena, olio su tela di ambiente solimenesco (XVIII secolo).

Vi è inoltre conservato l’importante l'Archivio Capitolare, con bolle pontificie e diplomi di re normanni, svevi, angioini; tra questi un Privilegium, pergamena del 1219 che reca la firma autografa dell'imperatore Federico II.