Il museo nasce intorno al nucleo di raccolte private delle famiglie Pepe e Pierri di Taranto, farmacisti di antica generazione, ed è un esempio brillante di sinergia tra pubblico e privato. L'obiettivo è quello di documentare questa arte antichissima attraverso l’esposizione di oggetti, strumenti, albarelli, ricette e medicinali conservati nel corso degli anni. Gli oggetti, provenienti da donazioni private, si collocano tra il XVIII e il XX secolo e tracciano un excursus storico della storia della medicina e dell’arte farmaceutica sin dai tempi di Ippocrate, il primo ad usare in modo razionale erbe e medicamenti. E' interessante scoprire che molte piante medicinali, utilizzate nel Salento sin dai tempi dei Greci, costituiscono ancora oggi un importante rimedio. Annessa alla raccolta di reperti di storia della farmacia è la biblioteca specialistica, con volumi a tema e volumi rari sull’alchimia.