Fu istituito, come archivio provinciale, per effetto del decreto del 22 ottobre 1812 di Gioacchino Murat e della successiva legge organica del 1818 degli archivi del Regno. Venne ubicato dapprima presso l'ospedale degli Svizzeri, dal 1831 nel palazzo dell'Intendenza e dal biennio 1936-1937 nel palazzo della Provincia.
Dal 2007 è ospitato, insieme alla Biblioteca nazionale Sagarriga Visconti-Volpi, presso la Cittadella della Cultura, un complesso del primo Novecento in precedenza adibito a macello e mercato ittico comunale.
