Il Museo vanta una serie di collezioni storiche, alcune delle quali di epoca granducale. Un esempio è la collezione di calcoli vescicali, comprendente circa 50 pezzi bizzarri nella forma e nelle dimensioni, lisci o moriformi, di diametro variabile da un centimetro a circa nove centimetri. Altro esempio è rappresentato dalla collezione di neonati malformati (i cosiddetti “Mostri”). Si tratta di 25 pezzi di grande interesse, ben conservati, che includono più o meno tutte le tipologie note di malformazioni congenite: dalla bicefalia all’idrocefalia, dalla ciclopia all’anencefalia e all’iniencefalia. Particolarmente interessante è uno scheletro fetale bicorporeo e toracopago in cui è possibile osservare la fusione perfetta dei due toraci a formare un’unica cavità. Entrambe le collezioni risalgono al XIX secolo. A questo secolo appartiene anche la collezione teratologica animale che include, fra i casi più particolari, un cane poliartro a sei zampe, un gatto bicefalo ed un pulcino bicefalo e poliartro a quattro zampe. Sono inoltre da menzionare la collezione parassitologica di elminti ed una piccola raccolta aracnologica di ragni velenosi.
