La costruzione dell'edificio risale ad epoche diverse. L'erezione di una prima chiesa in pietra, quella a levante, insieme alla sottostante cripta, è del 1190 circa. Una delle caratteristiche principali di San Costanzo al Monte è che la cripta riproduce esattamente la pianta della chiesa superiore.

All'interno, nella chiesa antica superiore, si trovano 26 capitelli di stile romanico-lombardo scolpiti nella pietra verde di Acceglio con motivi svariatissimi: intrecci geometrici di piante e foglie, animali veri o fantastici come la sirena a doppia coda, i cavalli crociferi, l'aquila Giovannea.

All'esterno la parte più interessante è quella romanica ovvero il lato sud-est, caratterizzato da tre alte absidi (aventi notevoli elementi di somiglianza con quelle della Sacra di S.Michele) solcate da lesene che ne dividono i cilindri in tre campiture. Le absidi sono coronate da gallerie di fornici con archi a doppio rincasso su colonnine.