La costruzione del castello si data probabilmente all'XI secolo. Residenza dei vescovi-conti di Acqui fino alla metà del XIII secolo, divenne in seguito roccaforte del borgo medievale di Acqui e sede dei Governatori della città per passare poi, dalla fine del XIII sec., ai marchesi Paleologi.
Nel 1430 Acqui Terme venne conquistata dagli Sforza. Con il ritorno al governo dei marchesi del Monferrato il castello venne riedificato e, nel 1533, passò ai Gonzaga di Mantova. Tra Cinque e Seicento subì vari attacchi da parte dei francesi e degli spagnoli che lo distrussero. La prima ricostruzione avvenne nel 1663 e si concluse nel 1815 da parte di Vittorio Emanuele I.
