Il museo ospita oltre 5000 esemplari, esposti rigorosamente per ordine filogenetico, molti dei quali appartenenti a specie oramai estinte in Italia ed in Sicilia (come ad esempio lo Storione, il Gufo reale ed il Lupo) ed esemplari puri di specie reintrodotte (come il Pollo sultano ed il Grifone). È possibile vedere specie endemiche rare, come la Coturnice di Sicilia, o protette come l'Aquila reale ed il Capovaccaio, le tartarughe Caretta caretta, e tante altre specie.