La Crocifissione ad affresco del Perugino nella sala capitolare del convento è un piccolo museo a sé stante.

Compiuta nel 1494-1496, quando il convento era ancora sotto i frati cistercensi, per volere della famiglia Pucci, costituisce la più importante testimonianza artistica risalente a tale fase storica: nella parete tripartita da arcate, ma ambientati in un paesaggio unificato e rarefatto tipico dello stile umbro, sono raffigurati con sobrietà e misticismo Cristo in croce adorato dalla Maddalena penitente (chiara allusione alle Pentite che venivano accolte nel convento), affiancato a sinistra dalla Madonna e san Bernardo e a destra dai santi Giovanni Evangelista e Benedetto. Nella stessa sala capitolare un affresco di Cristo che scende dalla croce ad abbracciare san Bernardo dello stesso autore, con sinopia.