La Crocifissione ad affresco del Perugino nella sala capitolare del convento è un piccolo museo a sé stante.
Compiuta nel 1494-1496, quando il convento era ancora sotto i frati cistercensi, per volere della famiglia Pucci, costituisce la più importante testimonianza artistica risalente a tale fase storica: nella parete tripartita da arcate, ma ambientati in un paesaggio unificato e rarefatto tipico dello stile umbro, sono raffigurati con sobrietà e misticismo Cristo in croce adorato dalla Maddalena penitente (chiara allusione alle Pentite che venivano accolte nel convento), affiancato a sinistra dalla Madonna e san Bernardo e a destra dai santi Giovanni Evangelista e Benedetto. Nella stessa sala capitolare un affresco di Cristo che scende dalla croce ad abbracciare san Bernardo dello stesso autore, con sinopia.
Si consiglia di verificare gli orari di apertura sui siti web dei musei prima della visita.